病理学者。信濃上田（長野）出身。号、曲川。父、山本政策（三男）。上田出身で東京の開業医山極吉哉の養子となる。明治13年(1880)東京大学予備門、明治18年(1885)東京大学医学部（東京帝大医学部）入学。明治24年(1891)5月ツベルクリン研究のためにドイツ留学。帰国後の明治28年(1895)東京帝大医学部教授、11月医学博士を授位。明治40年(1907)医学雑誌「癌」を創刊。大正4年(1915)市川厚一とうさぎの耳にコールタールを塗り人工の癌の発生に成功し、刺激説を実証。大正8年(1919)「癌の研究」で学士院賞受賞。日本病理学会初代会長。大正12年(1923)退官。昭和3年(1928)ドイツのソフィア・ノルドホフ・ユング賞を受賞。著書：「日本住血吸虫について」、「腫瘍発生論」、「脚気病論」、「インフルエンザの感染について」、「動脈硬化症」「実質性肝癌」、「胃癌発生論」など。