東京帝国大学書記官･夏目漱石に見合いをさせようとした人。父、清水藤一(二男)。福島県出身。松江中学教諭。明治7年(1874)藩の貢進生として開成中学に入り、同年文部省に出仕。文部属大学書記。明治21年(1888)法科大学書記官兼大学舎監。明治31年(1898)第6代高等商業学校長。明治34年(1901)再度東京帝国大学書記官。正五位勲四等。59歳。
逸話としては、夏目漱石は明治26年（1893）7月に東京帝国大学文科大学英文科を卒業したが、その間、帝国大学寄宿舎々監清水彦五郎の斡旋で友人の小屋保治と共に宮城控訴院々長大塚正男の一人娘大塚楠緒子の婿候補となった。結局は、小屋保治が8月に楠緒子と見合いをし、明治28年（1895）1月に結婚、露宴には漱石も出席している。
※ 高等商業学校長には、他に谷中霊園に関係する人として、第3代：由布武三郎（1893年6月19日-1895年8月27日）、 第5代：神田乃武（1898年5月6日-6月6日）、 第9代15代：沢柳政太郎（1898年11月24日-1899年3月25日）、 第10代：駒井重格（1899年3月25日-1901年12月9日）らがいる。
